Im April 2006 sorgte die Überlagerung von langanhaltender Schneeschmelze und überdurchschnittlichen Regenmengen für ein lang anhaltendes Hochwasser. Die Ursache lag im sehr schneereichen Winter 2005/2006, in dem sich im Elbeeinzugsgebiet selbst bis in niedrige Lagen beträchtliche Schneehöhen bildeten. Auf den abtauenden Schnee fielen zusätzlich große Regenmengen (bis zu 200 Prozent des vieljährlichen Mittels).
Aufgrund der Bewirtschaftung der Moldaukaskade (Talsperren an der Moldau) und der Talsperre Nechranice an der Eger, konnte die nach Deutschland abfließende Elbewelle bereits in Tschechien deutlich reduziert werden (mehrere 100 Kubikmeter pro Sekunde, vergleiche Internationale Kommission zum Schutz der Elbe (IKSE) , 2007). Es bildete sich jedoch am Oberlauf der Elbe in Deutschland eine langgezogene Hochwasserwelle. Die Hochwasserscheitel der Mulde und Saale überlagerten sich zudem mit dem der Elbe und erhöhten diesen im Unterlauf.
Im Verlauf des Hochwassers zeigte sich die Wirkung der nach dem Hochwasser 2002 initiierten Deichbauprogramme – es kam nicht zu Deichbrüchen und somit nicht zu unkontrollierten Rückhalteeffekten wie im Jahr 2002. Dadurch erreichte der Hochwasserscheitel annähernd hohe beziehungsweise unterhalb vom Pegel Dömitz an der unteren Mittelelbe höhere Werte als beim Hochwasser 2002.
Während des Hochwassers wurde eine Flutung der Havelniederung einschließlich der Havelpolder angesichts der Prognosen eines bedrohlichen Verlaufs des Hochwassers in Erwägung gezogen. Letztendlich wurde darauf verzichtet, da aufgrund einer beachtlichen Vorspeicherung von Wasser im Havelgebiet ein geringer Rückhalteeffekt errechnet wurde und der Effekt der Scheitelabsenkung aufgrund des langgezogenen Hochwasserscheitel von den Experten als sehr gering eingeschätzt wurde.
