Um Platz für das Elbwasser in der Havelniederung zu schaffen, werden die vorhandenen Staumöglichkeiten zwischen Berlin und Rathenow (das sogenannte Havelstauregime) durch den Betreiber der Stauanlagen dem WSA Brandenburg zielgerichtet eingesetzt, um den Havelabfluss zu reduzieren. Durch die planmäßig erzeugten höheren Wasserstände in der Havel zwischen Berlin und Rathenow kann so der Unterlauf der Havel unterhalb Rathenows entlastet werden. Gleichzeitig steht in den Havelpoldern mehr Kapazität für Elbwasser zur Verfügung.
Reicht es – wie in den Jahren 2002 und 2013 – nicht aus, den Zufluss der Havel in die Elbe durch Schließen der Wehre zu stoppen, wird bei Quitzöbel das Wehr Neuwerben Schritt für Schritt geöffnet. Dadurch fließt das Wasser der höher liegenden Elbe in die Havelniederung – bis zu 700 Kubikmeter pro Sekunde. Bis zu einem festgelegten maximalen Wasserstand am Pegel Havelberg-Stadt von 26,40 Meter über Normalhöhennull (NHN) kann der Havelschlauch gefüllt werden und dabei maximal 161 Millionen Kubikmeter Wasser aufnehmen.
Sind auch diese Regulierungsmöglichkeiten ausgeschöpft, können zusätzlich die Havelpolder als Stauraum genutzt werden. Um die Polder zu fluten, werden entweder Einlassbauwerke geöffnet oder gezielt Deichbreschen, das heißt entsprechend geplante Öffnungen, in den Polderdeich gebaggert. Damit können weitere rund 125 Millionen Kubikmeter Stauraum für den Rückhalt von Elb- und Havelwasser genutzt werden. Mit dem vorhandenen Rückhaltevolumen von insgesamt rund 286 Millionen Kubikmetern kann der Elbscheitel am Pegel Wittenberge um bis zu 50 Zentimeter gekappt werden. Bei den extremen Hochwassern der Jahre 2002 und 2013 konnte so der Scheitelwasserstand der Elbe unterhalb der Havelmündung um 27 beziehungsweise 41 Zentimeter am Pegel Wittenberge gesenkt und damit Deichbrüche und folglich größere Überflutungen und Schäden flussabwärts verhindert werden.
Sinkt der Elbepegel, wird der Vorgang wieder rückgängig gemacht: Das gestaute Wasser aus der Havel fließt zurück in die Elbe. Zunächst wird das Einlasswehr Neuwerben geschlossen, damit kein weiteres Elbwasser einströmen kann. Dann werden die Wehre Quitzöbel (Durchstich- und Aktarmwehr) sowie das Wehr Gnevsdorf geöffnet, damit das Wasser über den Gnevsdorfer Vorfluter wieder in die Elbe abgeführt werden kann.
